設施栽培隔絕自然授粉條件，如風、水及昆蟲等媒介，甜瓜多以人工授粉與義大利蜂輔助授粉提高著果率，當栽種面積不大時可考慮人工授粉。

操作方式：

1. 昆蟲授粉於留果節位開花前三日之夜晚將授粉蜂箱移入設施內，移入前須先去除外群蜂，蜂箱每箱約6-8片蜂巢片，並須進行殺菌避免帶入病蟲害，授粉期間使用之防治藥劑須留意不可影響其活動力。植株開花期一致授粉10-14天，不一致時可延長至3周。
2. 若遇連續陰雨天，蜂群活動力減弱，則必須藉由人工授粉方式來進行，選擇當天開放的雄花，摘除花瓣露出雄蕊，用雄蕊輕輕塗抹雌蕊柱頭，每朵雄花可塗抹2朵-3朵雌花，於清晨~上午10點前完成授粉佳。
3. 於授粉成功後5～7天，幼果已發育約如長型雞蛋大小(果長4～7公分)，選擇外觀及果型良好者，將其餘果實剪除。